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La asignación de la administración de puertos de manera integral a la Secretaría de Marina, incluidas las Capitanías de Puerto, Aduanas, Unidades Navales de Protección Portuaria Nacional asignados a la Institución, ha permitido el funcionamiento más eficiente y transparente del Sistema Portuario Mexicano.
Para la Marina los puertos más importantes son:
Coatzacoalcos
Veracruz
Manzanillo
Dos Bocas
Altamira
Lázaro Cárdenas
El almirante Rafael Ojeda Durán, destacó trabajos aéreos, marítimos y terrestres "y los logros que se han obtenido estos años". Mencionó decomisos de drogas, embarcaciones y precursores, entre otros, así como detenciones en coordinación con otras dependencias.
Gracias a la mayor coordinación de las capitanías de puerto con los mandos navales y administraciones portuarias, se ha logrado obtener:
Inventario y control de embarcaciones
Control de accesos a puertos y Marinas
Vigilancia en coordinación con los mandos navales
Inspecciones con las unidades navales de protección portuaria CONAPESCA
Incremento en la emisión de libretas de mar e identificación de gente de mar
Control de autorización en los despachos de las embarcaciones
Participación en organismos integrales
El nuevo decreto de la reforma portuaria
El secretario de Marina, José Rafael Ojeda Durán, concretó una nueva reforma administrativa en materia de puertos y marina mercante, que incluye la recategorización de la Coordinación de Puertos, como unidad administrativa y dota de más facultades a la Unicapam y a la Dirección de Dragado.
De acuerdo con la nueva estructura, la máxima autoridad del sector marítimo y portuario del país, es el Secretario de Marina, de quien dependerán la Unidad de Capitanías y Asuntos Marítimos (Unicapam), así como la Coordinación de Puertos, cuyo nuevo rango es el de Unidad administrativa, según el acuerdo 496/2022 publicado por Diario Oficial de la Federación (DOF).
Entre los cambios más relevantes, está la reforma al Artículo 7o, en el cual, de acuerdo a su nueva redacción, el Subsecretario de Marina, Ejercerá la Autoridad Marítima Nacional.
Con base en el ordenamiento, desde ahora la Coordinación General de Puertos y Marina Mercante, solo podrá ser ocupada por un Almirante en activo de la Armada de México, por un Capitán de Altura o por un jefe de Máquinas de la marina mercante, designado por el propio Secretario de Marina.