Desde su anuncio, el tramo 5 del tren tuvo diversas modificaciones en su trazo, generadas por diversos sectores, desde el aprovechamiento del derecho de vía hasta las complicaciones con el tipo de suelo de la península de Yucatán e incluso con las peticiones de empresarios de la Riviera Maya.
En conferencia de prensa, la dependencia federal anunció que el nuevo trazo del tren será paralelo a la actual carretera federal Cancún-Tulum, pero subterráneo, como una especie de metro, de esa manera aprovecharán las depresiones naturales de la zona, pasando por cuevas y cavernas, para lo cual ya se hacen los estudios correspondientes.
Los vagones serán panorámicos y en varios puntos del recorrido será posible ver cenotes. Las estaciones serán decoradas con detalles de la región y tendrán escaleras y elevadores para ingresar a ellas. Estarán ubicadas en Puerto Morelos, Playa del Carmen y Tulum. Se prevé que la obra esté lista a inicios de 2024.
Durante la realización de los trabajos se tratará de afectar lo menos posible la circulación sobre la carretera federal, donde diariamente transitan miles de vehículos, aunque la dependencia pidió a los usuarios tomar precauciones en sus tiempos de traslado sobre todo en horas pico.